Print Pages

Access Page via Rule

Track Page Visit

Visited Pages JQuery

Navigatie Hoofdstuk II Hoofdstuk I Hoofdstuk II Hoofdstuk III Hoofdstuk IV Hoofdstuk V Hoofdstuk VI
Navigatie HII tablet I II III IV V VI
Navigatie Hoofdstuk 2 Mobiel I II III IV V VI

Reproducible research

"Conduct science with a particular level of reuse in mind." - Rule 3 of 10 Simple Rules for the Care and Feeding of Research data(1)

    Hoofdlijnen

Om onderzoek te kunnen herhalen en verifiëren is het noodzakelijk dat het onderzoeksproces goed gedocumenteerd is en dat al het materiaal dat nodig is om het onderzoek te reproduceren (zoals data, code en software) openbaar toegankelijk is. Het opzetten van reproduceerbaar onderzoek vergt een gedegen voorbereiding in de planfase. 

Als data supporter kun je een onderzoeker adviseren over maatregelen die genomen kunnen worden om reproduceerbaar werken al in een vroeg stadium in gang te zetten. Je kunt daarbij de vraag "What is in it for me?" verwachten. Als je die vraag krijgt, kan het helpen om testimonials ter beschikking te hebben. Wat levert reproduceerbaar werken onderzoekers op? In onderstaande video krijg je een testimonial te zien. Patrick Vandewalle, senior onderzoeker bij Philips, deelt in deze video zijn ervaringen met reproduceerbaar werken.


Zet op HD-kwaliteit voor de beste kijkervaring.

Wil je meer weten over Patrick Vandewalle en reproducible research?

Vijf tips om reproduceerbaar te werken

In het boek Reproducible research with R(7) geven de auteurs de lezers een vijftal praktische tips om reproduceerbaar te werken:

  • Document everything!
  • Everything is a (text) file.
  • All files should be human readable.
  • Explicitly tie your files together.
  • Have a plan to organize, store, and make your files available.

  Case

Het Reproducibility project(9) is een internationaal project waarin meer dan 250 onderzoekers samen werken om toonaangevende experimenten te herhalen. Dit project is feitelijk een studie om te kijken hoe reproduceerbaar experimenten in de psychologie eigenlijk zijn, wat tot veel publiciteit heeft geleid en navolging in andere domeinen. 

   Bronnen en verder lezen

Klik om te openen/sluiten

  1. Goodman, A., e.a. (2014). 10 Simple Rules for the Care and Feeding of Scientific Data. Retrieved from http://arxiv.org/pdf/1401.2134v1.pdf
  2. Website Patrick Vandewalle. Retrieved from http://pixeltje.be/
  3. VandeWalle, P. (2011). Reproducible Research in Signal Processing: How to Increase Impact. [video]. Retrieved from http://mediasite.mediagroup.ubc.ca/MediaGroup/SilverlightPlayer/Default.aspx?peid=39b56dd6a85e4252b178bba48f3ffc631d
  4. Reproducible Research Repository. Retrieved from http://rr.epfl.ch/
  5. Runmycode. Retrieved from http://www.runmycode.org/
  6. Research Compendia, Retrieved from researchcompendia.org
  7. Gandrud, C. (2013). Reproducible Research with R & RStudio. CRC Press. Retrieved from http://christophergandrud.github.io/RepResR-RStudio/

    Jouw toevoegingen

Ken je ook verhalen of anekdotes waaruit blijkt dat onderzoekers er baat bij hadden dat het onderzoek werd uitgevoerd met hergebruik voor ogen? Ken je projecten waarbij onderzoekers elkaars onderzoek repliceren? Of heb je andere aanvullingen? Laat het weten in de comments.


Like · Dislike 1 ·  
Not rated yet. Be the first who rates this item!

Annemiek Kuil - Nico Sommerdijk van de TU/e heeft in het 3TU.Datacentrum een virtual machine behorende bij zijn proefschrift opgeslagen:
http://data.3tu.nl/repository/uuid:c0d66060-4d6c-431d-9a10-567fe63b1bc8
"Virtual machine (virtual disk image) belonging to the thesis ‘Business protocol adaptors for flexible chain formation and enactment’. It contains all the results, test sets, tool, source code and running examples underlying the thesis. The virtual machine enables users to re-run and check the system."

3 years 4 months ago · 
Not rated yet. Be the first who rates this item!

Rick Vermunt - Ik ken wel slechte voorbeelden van reproduceerbaarheid. In mijn werk als helpdeskpersoon van het datacentrum komen studenten vaak met journal articles aanzetten waarin weliswaar de auteur weliswaar de bron noemt waaruit de data zijn getrokken (aangekochte databases met bv. economische cijfers) maar dat is alles. Het is aan de student om 1. welke data precies 3,welke berekeningen zijn uitgevoerd 2. uit te vinden waar exact die data zich bevinden 2.a. Soms heeft een instituut een andere licentie voor die database en moeten de gegevens elders worden gezocht. Daarom ook rekenmethode een duidelijke omschrijving van gebruikte data belangrijk. Het levert studenten veel frustratie op. (en het is schering en inslag)

3 years 3 months ago · 
Not rated yet. Be the first who rates this item!
I like maybeLike · 

peter verberne - Wat een leuk filmpje van Patrick Vandewalle! In drie minuten legt hij de incentives bloot voor elke wetenschapper die publiceert om zijn onderzoeksdata beschikbaar te maken en zo te helpen bij het reproduceerbaar maken van onderzoeksdata

3 years 3 months ago · 
Not rated yet. Be the first who rates this item!
I like maybeLike · 

Jolien Scholten - Sommige van de links naar pagina's gerelateerd aan het onderzoek van Patrick Vanderwalle bestaan niet meer of verwijzen naar iets anders (zijn eigen website en ResearchCompendia).

2 months 8 hours ago · 
Not rated yet. Be the first who rates this item!
I like maybeLike · 

RDNL maakt gebruik van cookies. Meer informatie Sluiten